Το Σ.Ε.Κ. για την επίτευξη των στόχων του έχει πρόσβαση σε ένα μεγάλο αριθμό Πληροφοριακών Συστημάτων και Βάσεων Δεδομένων που διαχειρίζονται οι εμπλεκόμενες αρχές.
Ενδεικτικά αναφέρονται τα ακόλουθα:- Πληροφοριακό Σύστημα Τελωνείων ICISnet
- Πληροφοριακό Σύστημα Εισροών-Εκροών Καυσίμων
- Πληροφοριακό Σύστημα Καταγραφής Συνοδευτικών Παραστατικών
- Πληροφοριακό Σύστημα TAXISnet
- Ηλεκτρονική Εφαρμογή VIES
- Πληροφοριακό Σύστημα Ελεγκτικών Υπηρεσιών ELENXIS
- Πληροφοριακό Σύστημα Ελληνικής Αστυνομίας Police on Line
- Πληροφοριακό Σύστημα Λιμενικού Σώματος (EMSA, AIS, ΚΠΑ, Frontex-JORA)
- Πληροφοριακή πλατφόρμα AFIS της OLAF
